Parce qu’ils concentrent des bactéries, virus ou du phytoplancton toxique, les coquillages ne sont pas tous bons à consommer. Pour limiter les risques, il convient de respecter les interdictions en cours et les recommandations sanitaires et de ne pas pratiquer la pêche à pied sur les gisements de mauvaise qualité.
Enfin, avant de consommer la récolte du jour, les coquillages doivent être lavés avec soin, conservés vivants au réfrigérateur et dégusté rapidement dans la journée.
À ce jour, aucun cas de contamination par le COVID-19 via la consommation de coquillage n’a été rapporté et une étude récente menée par l'Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER) n’a pas permis de mettre en évidence le virus n’a pas été retrouvé dans les coquillages ou l’eau de mer.