La surveillance sanitaire comprend un suivi de la qualité microbiologique, des micropolluants minéraux (métaux lourds), des micropolluants organiques (PCB, HAP), de polluants émergents (organoétains, phtalates) et de la qualité radiologique.
En période estivale, des épisodes de prolifération de certaines espèces phytoplanctoniques sont observés sur le littoral du Calvados et de la Seine-Maritime. Le suivi du phytoplancton dans l'eau et des toxines dans les coquillages est réalisé par l’IFREMER (réseau REPHY) et conduit à la mise en œuvre des mesures de gestion adaptées à la situation (renforcement de la fréquence de suivi, interdictions temporaires, information…).